在莎木1和2中我們得知芭月涼的父親被殺害，而芭月涼也在調查據傳是兇手的“藍帝”。隨著兩件神秘物品“龍鏡”和“鳳凰鏡”的出現，故事情節變得更加濃厚。本部玲莎花作為主教會陪伴芭月涼努力找到真相。從玲莎花的父親那裏有望得到有助於他們尋找真相的線索，芭月涼和玲莎花踏上旅程，卻不曾想玲莎花的父親失蹤了！他們的冒險從此出現了轉折……